隆平高科总经理颜卫彬提出公司的困惑，虽然袁隆平是公司的名誉董事长且为公司第三大股东，但他以造福人类为己任，对自己的研究成果，从不保密。所以公司并非独家受益，在其研究最新成果之后，其他研究机构或种业公司很快也能获得相关技术。
而事实上，即使公司想刻意保密，也会由于培育种子多以租用农民田地，非封闭的培育方式，使得其最新培育种子的亲本很难得到保护。问题的关键在于知识产权的保护。
目前中国已经颁布实施了《植物新品种保护条例》，但效果并不明显。隆平高科彭光剑认为，其原因在于缺乏相应的监控和处罚措施，使得种子的私下转让、假冒侵权、盗取亲本得不到严厉的惩治。
2003年隆平高科的控股子公司湖南湘研种业有限公司曾研制出湘辣1号_4号辣椒新品种，该品种不仅大幅提高单亩产量而且还解决不同口味的配套品种。按当时辣椒的市场价，每亩能获得约1万元的收入。为此，批发价达到260元/斤，零售价一度被炒到2600 元/斤。而该品种使得公司年销售额达4000万元，占据全国辣椒市场70%的市场份额。但不到一年的时间，该技术就被其他种业公司所熟知，稍作改进后即推向市场。不到三年的时间，该品种的销量由原来的16万斤下降到3万斤。
知识产权保护不利，但是地方保护主义却很突出，这集中体现在良种补贴政策的被滥用上。登海种业于2005年4月上市，但在次年2006年即出现利润大幅下滑。主营收入和净利润分别下降了31%和92%。
对此，公司解释是两个重要原因造成的，一是国家为了促进农民增收，对农民实行“良种补贴”政策，但在公司产品的主要销售区域，部分执行部门在各自的辖区内实行指定品种、限价购种、定向发放补贴的做法，而将公司的产品排除在指定品种之外，对公司的产品价格造成冲击，直接影响产品销售量和销售收入。
据各省农业厅网站公开信息显示，河北省农业厅2006年主要推广技术品种中，指定玉米种子品种17个，只有1个是外地品种；天津市农业厅指定4个品种，有3个是本地产品；山东省农业厅和山东省科技厅指定的推广玉米品种14个，11个是本地产品。
而在一些县还有着特殊的现象：一家种子科研公司在某县要想中标种子的政府采购，需要很多“回扣”。在某县，据说如中标250万公斤小麦种子，县里除要求每公斤提成6分钱，还要“赠送”两辆桑塔纳、10台电脑，并组织一次“欧洲游”。
二是生产成本加大。
主要制种区为保证制种农户的收入，提高了种子收购最低保护价，使得种业公司每亩地制种生产成本较往年增加了约18%，导致利润下降。
